Izanagi lamentó profundamente la pérdida de Izanami y decidió emprender un viaje a Yomi, conocida como «la tierra de los muertos». Sin embargo, al llegar, notó escasas diferencias entre el mundo terrenal y el espiritual, excepto por la perpetua oscuridad que envolvía el lugar. Esta oscuridad le causaba un inmenso dolor al pensar en el sufrimiento de Izanami.
Movido por la desesperación, se apresuró a buscarla y finalmente la encontró. Inicialmente, Izanagi no podía verla completamente debido a las sombras que ocultaban su apariencia, pero le rogó que regresara con él. Izanami, en respuesta, le escupió, indicándole que ya era demasiado tarde.
A pesar de la respuesta negativa, Izanagi persistió en su deseo, y sorprendentemente, Izanami aceptó con la condición de que le diera tiempo para cambiarse y que no entrara a su habitación en el palacio. Aunque Izanagi aceptó la condición, el tiempo transcurría y ella no salía del palacio, un lugar en el que ningún ser vivo había entrado jamás.
Sin poder soportar más la incertidumbre y deseando estar junto a su amada, Izanagi tomó la valiente decisión de usar su peineta como antorcha para adentrarse y desvelar el misterio que se ocultaba en la oscuridad del palacio. Al ingresar a una de las habitaciones, quedó horrorizado al descubrir que el cuerpo de su esposa se hallaba descompuesto y lleno de gusanos y criaturas indescriptibles que se deslizaban por todo su ser.
Izanagi, sin control sobre su miedo, empezó a correr en un intento frenético por regresar al mundo de los vivos. Incapaz de aceptar la visión horrorosa, se repetía a sí mismo que esa no podía ser su amada; era inconcebible que se hubiera transformado en un ser tan abominable. Era irreal, ella no podía ser así…
Al percatarse de que no había cumplido con la promesa de no entrar, Izanami, enfurecida, lo persiguió con una horda de seres aterradores que buscaban arrebatarle la vida. Izanagi, aterrado, lanzó su peineta, la cual se transformó en bambú, distrayendo a algunos de los seres. Sin embargo, otros continuaban la persecución. En un intento desesperado, lanzó melocotones para ralentizarlos, pero apenas lograron detenerse. Afortunadamente, alcanzó la salida y cerró la entrada con una roca, sellando así la puerta de Yomi.
Ambos quedaron frente a frente, separados por la imponente roca. En ese momento, Izanami lanzó un grito y advirtió a Izanagi que si no la dejaba salir, se llevaría mil vidas del mundo de los vivos cada día. Furioso, Izanagi le reprochó su engaño y la falta de sinceridad, prometiendo dar vida a 1,500 almas diarias si llevaba a cabo tal amenaza. Así comenzó la existencia de la muerte, bajo el control de Izanami.
Para comprender mejor su historia, es importante señalar que ambos son equiparados al Adán y Eva del Sintoísmo, siendo considerados dioses. Izanami es la diosa de la creación y la muerte, y juntos, como deidades, dieron origen al mundo. Después de estos eventos, Izanagi engendró a Amaterasu, la Diosa del Sol, de su ojo derecho; a Tsukuyomi, el Dios de la Luna, de su ojo izquierdo; y a Susanoo, el Dios de la Tormenta, de su nariz.
A pesar de su naturaleza divina y su papel en la creación, su historia revela las consecuencias del egoísmo y la falta de cooperación, resultando en la condena de la humanidad.